Klosterkirken er en integreret del af Aalborg Helligåndskloster. Indgang fra C.W. Obels Plads, gennem klostergården.

Helligåndsklostret som er Danmarks ældste sociale institution, blev oprettet som helligåndshus i 1431 af "hæderlige kvinde Maren Hemmings". Ophøjet til kloster 1554. Siden reformationen har klostret bl.a. fungeret som hospital, ligesom bygens latinskole i næsten 300 år lå i bygningerne. Med udgangspunkt fra klostret oprettedes under 2. verdenskrig Churchill Klubben, Danmarks første modstandsgruppe.