Sonic the Hedgehog er tilbage på det store lærred i et nyt, spædende eventyr. Sonic, Knuckels og Tails slår sig sammen for at bekæmpe Shadow, en ny mægtig modstander med helt unikke kræfter, som overgår alt, hvad de tidligere har står over for.

Team Sonic må derfor søge hjælp fra en uventet kant i håbet om at stoppe Shadow og beskytte Jorden.